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基于华为云弹性云服务器ECS（搭载openEuler的鲲鹏通用计算增强型）完成鲲鹏代码迁移工具实践【华为云至简致远】

2022-08-08 16:08:00 【InfoQ】

【摘要】 基于华为云弹性云服务器ESC（鲲鹏服务器），部署鲲鹏代码迁移工具利用扫描迁移工具进行源码分析，根据扫描建议修改源码，让源码在鲲鹏平台可以正常编译运行

零、前情提要

先来说句题外话，最近华为鲲鹏DevKit训练营开始了，有兴趣的同学可以试一试！

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更多详情可参考鲲鹏开发者社区。

一、目标

基于华为云弹性云服务器ECS，自行部署鲲鹏代码迁移工具，完成鲲鹏代码迁移工具实践——进行Megahit源码迁移。利用扫描迁移工具进行源码分析，根据扫描建议修改源码，让源码在鲲鹏平台可以正常编译运行。
华为云弹性云服务器ECS配置：

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二、操作前提

1. 认真观看迁移工具的实战视频

可到鲲鹏开发者社区查看，还有很多详细的文档资料啊。

2. （可选）申请远程实验室

因为ECS需要购买，如果不方便购买，可以到在鲲鹏社区申请免费的远程实验室，操作系统选择OpenEuler。
不得不说，远程实验室的配置还是很强大的啊。

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申请之后，会收到一封邮件，邮件提供了账号等信息，注意要按照邮件指导，在 VPN 端登录，之后才能使用远程实验室。
注意，请卸载除官方提供的VPN软件外的其他VPN软件，否则可能即使VPN登录成功，也无法访问，切记！！！这是血泪教训。
下面操作对ECS和远程实验室的操作都做了介绍，无论选择哪种方式，都可以的！

三、准备工作

如果你使用的是远程实验室，按照官方介绍，是打开工具的web网页 ，并进行登录。该web界面的IP地址，账号以及密码等信息在邮件中有详细说明哦。注意如果提示风险，要选择继续哦。

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登录后的界面为：

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好了，就是先看看哈，验证下可以正常访问远程实验室，后面会用到，这里我们先来做准备工作，用MobaXterm登录刚购买的ECS啊。
下面准备Megahit源码。这里简单介绍下哈，Megahit是一个超快速和内存高效的NGS汇编程序。它是针对多基因组优化的，但也适用于一般的单基因组组装和单细胞组装。需要注意的是Megahit源码包存在大量汇编，后面我们会注意到迁移到鲲鹏平台前需要识别并验证通过“鲲鹏代码迁移工具”迁移后的代码是否正确，以及识别出是否还有“鲲鹏代码迁移工具”遗漏的相关文件。

1. 使用MobaXterm工具，以root用户登录服务器。

就是ssh登录，常规操作了，如果看到类似如下界面，说明登录成功：

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2. 进入“鲲鹏代码迁移工具”源码文件存放路径。

cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/

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3. 下载Megahit源码。

git clone https://github.com/voutcn/megahit.git

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4. 将代码进行合并。

注意如下代码不对，正确代码请见这小项最后。
cd megahit/ && git submodule update -init
这里注意不要直接复制
教程中
所给的代码，因为教程中的
-init
中的
-
符号有问题，会报错如下：

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或者

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其实
-init
中的
-
符号应该是英文下的才对，也可以看到修改后
-init
变为了蓝色，MobaXterm就是强。

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但看提示好像还是不太对啊，仔细看会发现打印信息给了提示，应该是
--init
。

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cd megahit/ && git submodule update --init
应该是正确运行了，结果如图，没什么打印信息：

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5. 创建构建文件夹并进入。

mkdir build && cd build

6. 生成Makefile文件。

cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
注意，这里运行可能报错，如下：

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这可能是没有设置
cmake
路径或者没安装
camke
，我们使用如下命令，来看看：
cmake --version

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那来安装一下吧，不管有没有了，马上行动起来。这里我安装的是
cmake 3.15
，不是最新版哈，下面来介绍下安装，来嘞。
获取源码，并解压
wget https://down.24kplus.com/linux/cmake-3.15.3.tar.gz
tar -zxf cmake-3.15.3.tar.gz
cd cmake-3.15.3

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编译安装
./bootstrap --prefix=/usr --datadir=share/cmake --docdir=doc/cmake

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运行中的截图（这个过程有点长，大家可以先休息一下哈）：

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运行完成截图：

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接下来执行命令：
make

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运行完成截图:

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那么接下来执行命令：
sudo make install

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下面检查是否正确安装，执行如下命令：
cmake --version
如果看到如下界面，表示成功了：

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好了，接下来可以执行之前的命令了：
cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
得到运行结果：

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7. 修改megahit目录属组。

cd ../ 
chown -R porting:porting *

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四、源码迁移

下面是重头戏了哈，使用鲲鹏代码迁移工具进行代码迁移，就是用我们之前打开的Web界面，赶紧来试试吧。
注意，Web界面长时间不操作会自动退
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出登录，需要重新登录
注意，论坛发帖，编辑帖子时间一长，也会显示保存问题，大家记得及时保存，最好，写一些就发布，之后再编辑，再发布，以免丢了内容（虽然有草稿箱），这都是血泪教学啊，切记！！！

1. 源码分析参数填充


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上述参数说明：
源码文件存放路径：
选择源码包megahit/build，就是之前我们可下载了
megahit
,这个很有意思，点击一下源码文件存放路径的方框，就会弹出一个下滑栏，选择我们的路径即可：

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目标操作系统：
openEuler 20.03
这点没问题，这个在申请远程实验室的时候，我们就说了要选这个系统。
编译器版本：
GCC 7,3
这里要说明下，作业帖给的是
BiSheng Compiler 2.1.0
，应该是毕昇编译器，但没这个选项，那我们就看看具体版本吧，在MobaXterm执行命令：
python
可以看到：

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嗯，是
GCC 7,3
无疑了。
注意执行如下命令亦可：
python3

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好了，全选好了，就执行开始分析吧！

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这是运行中界面：

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这是运行完成的界面：

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2. 任务执行成功，查看源码报告。

点击上图中右上角的报告即可查看，可跳转到如图界面：

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3. 点击报告源码迁移建议，查看需要迁移的文件。

注意，我这里提示让跳转到最新报告查看，跳转即可，因为之前我运行了一次，如果你是第一次运行，不会有此问题哈。

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我们应该依次单击上襦左侧文件列表，查看需要迁移的文件。
根据系统提示的修改建议进行修改，鼠标点击内嵌汇编代码（cpu_dispatch.h）, 可以看到四处待修改点。如图所示的红色波浪线展示的部分。
注意，我们将光标悬停在待修改代码出，就会弹出修改建议了

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当然，我们能根据给出的建议手动修改，但是还有更便捷的自动修改哦，更快，不过注意自动修改后检查一下。自动修改很简单，在之前光标悬停的基础上，选择
Quick Fix
，如图所示：

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之后在如下图所示的两个选项中任选一个即可。

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来看看效果：
这是第一处的修改后：

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这是第二处的修改后：

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这是第三处的修改后：

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我们仔细看看这些长段的绿色注释部分，可以看到自动修改已经给出了具体建议。两处修改点所给的建议应该还是准确，直接去掉注释，效果如下：

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最后，千万别忘了点击 保存。要知道，人生悲哀莫过于编辑的文件没有保存啊。

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你以为这就结束了？当然没有，接着来吧！
根据系统提示进行修改，鼠标移至构建文件（megahit_core.dir/flags.make）待修改点处，可以看到两处待修改点。

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这建议很中肯啊，应该是提示Kunpeng platform不支持
BMI2
和
POPCNT
指令，手动修改代码，删除指令
-mbmi2
和
-mpopcnt
指令。
这还没完，别忘了，还有一处呢！
鼠标移至构建文件（megahit_core_popcnt.dir/flags.make）待修改点处，可以看到一处待修改点。

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根据建议提示Kunpeng platform不支持
POPCNT
指令，手动修改代码，删除指令
-mpopcnt
指令。删除后，红波浪线马上就消失了哈。

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还是那句话，千万别忘了点击 保存。

五、迁移后重新编译

这里就又回到MobaXterm了。

1. 添加

KunpengTrans.h

头文件

将
KunpengTrans.h
头文件添加到目录/opt/poradv/portadmin/sourcecode/megahit/src/utils。执行如下拷贝命令：
cp /opt/portadv/tools/inline_asm/config/KunpengTrans.h /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/utils/

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2. 再次执行make命令。

cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/
make
在ECS上需要执行命令：
cd /home/tjulitianyi/megahit/build
make
见证奇迹的时候到了！

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尴尬，报错了，赶紧看看！

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显示没有该文件，但这个文件
<x86intrin.h>
是
x86
相关的，应该是
x86
平台的系统头文件，而我们用的是鲲鹏处理器，基于
ARM
的，本来就没有这个文件哈。下面，执行
vi
命令进入文本，注释11行代码：
vi /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/kmlib/kmrns.h
// #include <x86intrin.h>改为//#include <x86intrin.h>
对了，在英文模式下，单击键盘上的字母
I
就能编辑了。

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退出保存，需要先点击键盘左上角的
Esc
键，之后执行：
:wq!
再次执行make命令，编译通过。
注意，编译是比较耗费时间的，大家可以先休息一下，眺望远方，放松下眼睛。编译运行中界面：

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top
命令查看CPU运行情况：

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经过大约2分钟的等待，编译完成了，期间运行内存在3.5GB上下浮动。完成界面如下图所示：

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六、运行和验证

记住啊，目前我们是使用MobaXterm工具，以root用户登录远程实验室的服务器。

1. 下面，进入可执行文件的安装目录。其实，就是当前目录，因为我们之前就是在这个目录编译的，这里是为了再确认一下。

cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/

2. 执行以下命令运行：

make simple_test
注意：make simple_test里用到的.fa文件是github上下载软件包的时候就自带了，无需额外下载。
运行截图：

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最终运行结果展示：

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搞定了，完结，撒花！！！

结语

如果是体验过程中，有哪些要反馈或吐槽的？

1.VPN连接

如果你使用的是鲲鹏社区的免费远程实验室，那么这个VPN算一个，我正在调试程序，居然自己断开了，报错如图所示：

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退出VPN再登录也不好用，有点不稳点吧。而且太耽误进度了，我可就差重新编译验证了。好吧，其实我坦白，重新make时报错了，我正准备定位问题，修改呢。正在兴头上，突然就断了？？？
不过我可能错怪它了，上图报错可能是我本地网络较差，经过重启电脑，等待之后就又能连接上了。

2. 鲲鹏迁移工具的Web界面显示文件名称不全

第二个就是鲲鹏迁移工具的Web界面了，在源码迁移建议那里无法查看完整文件名称，鼠标悬停也不行，也无法调整显示宽度，有点不友好啊。

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