安装scVI及使用教程

首先
参考教程
https://docs.scvi-tools.org/en/0.6.3/tutorials/basic_tutorial.html
其中输入
首先需要安装pytorch

pip install torch==1.10.2

pip install scvi[notebooks]

即可，然后下载scVI自带数据需要注意
例如

import sys
show_plot = True
test_mode = False
save_path = "data/"

if not test_mode:
    save_path = "data/"

import os
import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
from scvi.dataset import CortexDataset, RetinaDataset
from scvi.models import VAE
from scvi.inference import UnsupervisedTrainer, load_posterior
from scvi import set_seed
import torch

# Control UMAP numba warnings
import warnings; warnings.simplefilter('ignore')
%matplotlib inline
# Sets torch and numpy random seeds, run after all scvi imports
set_seed(0)


retina_dataset = RetinaDataset(save_path=save_path)

这里数据总是下载失败，可以去源码里找到下载loom文件的原始链接，然后浏览器下载保存在data文件里，就可以离线家在，但是我发现加载这个数据会出现一个问题，就是
解决办法

pip install h5py==2.10.0